Comacchio è il centro storico più originale ed affascinante nel Parco Delta del Po.
Erede dell'antica Spina, a lungo contesa da ferraresi e ravennati, da Papi e Imperatori, ha origini antichissime: sorse infatti agli albori del Medioevo, quando l'insediamento iniziale si stabilì su una catena di isolotti affioranti nella foce padana sempre in divenire. Pesca, vallicoltura, produzione del sale furono la fonte della sua floridezza e anche dei suoi rovesci, a causa dei conflitti che la opposero a Venezia. Dopo l'epoca estense, durante il dominio dello Stato Pontificio, la città rinacque, tanto che i più felici interventi architettonici e monumentali risalgono proprio al Sei-Settecento.

L'abbazia che noi oggi ammiriamo venne consacrata nel 1026 (quindi edificata prima) dall'abate Guido. 

Fino al XIV secolo, l'abbazia godette di proprietà, sia nei terreni circostanti (compresa una salina a Comacchio) sia nel resto d'Italia grazie alle donazioni, poi ebbe un lento declino dovuto a fattori geografici e ambientali quali la malaria e l'impaludamento della zona, causato anche dalla deviazione dell'alveo del Po (rotta di Ficarolo, 1152).
Ebbe una grande importanza per la conservazione e la diffusione della cultura durante il Medioevo grazie ai monaci amanuensi che vi risiedevano. In quest'abbazia, il monaco Guido d'Arezzo inventò le note musicali moderne. Vi soggiornò anche il ravennate Pier Damiani, fra il 1040 e il 1042, chiamato a istruire i monaci.
Nel 1653 papa Innocenzo X soppresse il monastero, che nel 1802 venne acquistato dalla famiglia ravennate Guiccioli. Alla fine dell'XIX secolo la proprietà passò allo Stato Italiano.